Potrebbe derivare dal termine latino paganus, da pagus ("villaggio") ed indicare una famiglia "che vive nel villaggio" inteso come "chi abita fuori dalla città".
Nel Medioevo inoltre era usanza definire "pagani" i popoli non ancora convertiti alla fede cristiana (germanici, arabi, saraceni).
E' inoltre possibile che il cognome derivi da uno dei vari toponimi presenti in Italia.
Si trova traccia di Pagani in un atto di cessione di terreni risalente all'anno 1136: "Duodecima iacet in via de Cario et est pertice .V.; ab una parte terra Bernardi Braga, ab alia Pagani clerici, a tercia via de Aqua Longa. Tercia decima petia iacet in via de Cario, in loco Candiani et est pertice .X.; ab una parte terra Bernardi Braga, ab alia Pagani clerici, a tercia Sancte Marie.".
Il cognome Paganin è proprio del Veneto.
Il cognome Paganin è 862° nella regione Veneto Il cognome Paganin è 103° nella provincia di Rovigo Il cognome Paganin è 6° nel comune di MORANO SUL PO (AL)