Dovrebbe derivare da una forma aferetica di soprannomi originati dalla voce dialettale lombarda pernigott, "pernice", oppure dal termine lombardo nigott, "niente", forse attribuito come cognome ad un trovatello.
Il cognome Nigotti, quasi unico, sembrerebbe specifico della provincia di Sondrio.
Il cognome Nigotti è 40158° nella regione Lombardia Il cognome Nigotti è 1649° nella provincia di Sondrio Il cognome Nigotti è 129° nel comune di TIRANO (SO)