Potrebbe derivare dal toponimo greco dell'isola di Negroponte (anche conosciuta come Euboea che alla caduta dell'Impero Romano d'Oriente divenne dominio della Repubblica di Venezia) ad indicare forse degli emigrati in Italia a seguito dell'occupazione ottomana del 1470 o, comunque qualche tipo di rapporto che univa i capostipiti all'isola di Negroponte.
Il cognome Negroponte è tipicamente veneto.
Il cognome Negroponte è 11073° nella regione Sardegna Il cognome Negroponte è 5525° nella provincia di Cagliari Il cognome Negroponte è 237° nel comune di SAN VITO DI LEGUZZANO (VI)