Dovrebbe derivare da nomi di località legati al vocabolo arcaico motta (monticello di terra o di detriti).
Si trovano tracce già dalla fine del 1500 con il prevosto di origine varesina Francesco Mottini che divenne poi Vescovo, con un Matteo Mottini fu Pietro della Foppa decano del comune a Fusine (SO) nei primi anni del 1700, erede di Antonio Mottini della Foppa fu Maffeo quest'ultimo pure decano del comune nel 1600. Mottini è tipico lombardo, più propriamente del nordmilanese, con un ceppo probabilmente originario nel sondriese. Mottin sembrerebbe avere un ceppo nella Lombardia nordoccidentale ed uno nel vicentino.