Potrebbe derivare dal toponimo Modena ed indicare il luogo di origine dei capostipiti.
Tracce di queste cognomizzazioni si trovano a Lonate Pozzolo (VA) nel XV secolo in un atto dove nel 1499 un Piantanida di Oleggio vendette a un nobile Modoni di Lonate un terreno con edifici sulla sponda di Oleggio.
Il cognome Modoni ha un nucleo nel varesotto, uno nel Salento nella zona di Maglie e Palmariggi (LE) in particolare ed uno in Emilia. Modonese è probabilmente veneto. Modonutti e Modonutto, rarissimo, sono specifici della zona tra Udine e Premariacco.