Potrebbe derivare dal toponimo Missaglia (LC) oppure dal termine medioevale massalia (masseria) riferendosi così ad abitanti o padroni di un podere.
Il casato dei Missaglia detenne feudi nel milanese fin dal 1200 e nel comasco.
Il cognome Missaglia è specifico dell'alto milanese e della zona nordoccidentale della Lombardia, ma presenta anche un ceppo probabilmente non secondario nel padovano. Missiaglia, rarissimo, è quasi sicuramente dovuto a errori di trascrizione.
Il cognome Missaglia è 1360° nella regione Lombardia Il cognome Missaglia è 177° nella provincia di Monza E Della Brianza Il cognome Missaglia è 2° nel comune di CASALE DI SCODOSIA (PD)