Deriva dal toponimo Mileto in provincia di Vibo Valentia.
Il cognome Milesi è originario della Calabria, ma esiste anche un ceppo autonomo lombardo, come si evince da un atto di procura stilato a Roma, con il quale il reverendo Giovan Antonio Milesi da mandato a Ludovico del Pozzo, abate di Bergamo, per la cura di tutti i suoi benefici ecclesiastici.
Il cognome Milesi è 167° nella regione Lombardia Il cognome Milesi è 15° nella provincia di Bergamo Il cognome Milesi è 1° nel comune di SAN GIOVANNI BIANCO (BG)