Potrebbe derivare dalla toponomastica, dal nome del fiume Mignone (che segna il confine fra la provincia di Roma e quella di Viterbo), ma più probabilmente deriva da soprannomi dialettali originati dal vocabolo italiano mignone ("piccolo, carino, bellino, favorito" anche in senso equivoco) mentre una correlazione con l'antica armatura chiamata mignone è decisamente improbabile.
Con questo cognome si ricorda il patriota Nicola Mignogna nato a Taranto nel 1808 molto attivo durante i moti del '48.
Il cognome Mignogna ha un nucleo a Taranto, un piccolo ceppo a Lucera (FG), un ceppo a Napoli, ma il nucleo principale è in Molise tra Campobasso e Riccia. Mignogni, assolutamente raro, è dovuto ad errori di trascrizione del precedente. Mignoni, molto raro, ha un ceppo nel cremonese ed uno nelle Marche settentrionali. Vignogna, estremamente raro, è del beneventano.
Il cognome Mignogna è 7° nella regione Molise Il cognome Mignogna è 2° nella provincia di Campobasso Il cognome Mignogna è 1° nel comune di Riccia (CB)