Potrebbe derivare da un toponimo come ad esempio Castelletto Merli (AL), Montemerlo (PD), Merlino (LO), oppure dal nome medioevale franco Merle o ancora da un soprannome legato all'uccello, il merlo, forse per indicare una persona solitaria.
Il cognome Merli è presente in tutto il nord Italia, con un nucleo importante in Lombardia. Merlich, rarissimo, potrebbe essere triestino.
Il cognome Merli è 129° nella regione Umbria Il cognome Merli è 12° nella provincia di Piacenza Il cognome Merli è 1° nel comune di CASTELNUOVO BOCCA D'ADDA (LO)