Potrebbe derivare dal toponimo Martignone, località di San Giovanni in Persiceto (BO), o più probabilmente da modificazioni dialettali del nome Martinus (dell'uso si ha un esempio nel 1400 nel milanese con un certo Martignone del Roncaccio).
Tracce di questa cognomizzazione si trovano nel comasco agli inizi del 1600 con un certo Camillo Martignone.
Il cognome Martignoni ha un nucleo principale nel milanese e comasco, un ceppo nel mantovano ed uno nel bolognese.
Il cognome Martignoni è 768° nella regione Lombardia Il cognome Martignoni è 50° nella provincia di Varese Il cognome Martignoni è 1° nel comune di GAZZADA SCHIANNO (VA)