Potrebbe derivare dal nome di alcune località come Marotta nel comune di Giano Vetusto, vicino a Capua.
Secondo altre ipotesi avrebbe origine dal sostantivo femminile marotta derivato dal veneto marota, "vivaio", oppure dal calabrese marrotta, "cesta rotonda per la frutta", dal dialetto napoletano maròtta, "uccello", o infine dal vezzeggiativo del vocabolo dialettale napoletano maro, "infelice, misero".
Il cognome Marotta è diffuso in tutto il sud ed ha un nucleo importante in Campania ed uno in Sicilia.