Potrebbe derivare dal nome della frazione Margone di Vezzano in provincia di Trento, probabile località d'origine dei capostipiti.
Il cognome Margoni è tipicamente trentino.
Il cognome Margone è 25549° nella regione Liguria Il cognome Margone è 13731° nella provincia di Trento Il cognome Margone è 433° nel comune di CARCARE (SV)