Dovrebbe derivare dal toponimo Margoni, frazione di Novaledo (TN), molto meno probabile un collegamento con Margone (TN), frazione di Vezzano.
Il cognome Margon, molto raro, è tipico di Novaledo (TN). Margonari ha un ceppo in provincia di Mantova.
Il cognome Margonari è 1849° nella regione Trentino-Alto Adige Il cognome Margonari è 536° nella provincia di Mantova Il cognome Margonari è 8° nel comune di SAN LORENZO DORSINO (TN)