Deriva dal nome medioevale Marcantonius dovuto alla fusione dei nomi Marcus ed Antonius. Del nome si ha un illustre esempio con il poeta latino Marcantonius Flaminius nato a Vittorio Veneto nel 1498.
Il cognome Marcantonio è tipico del centrosud, del Lazio, Abruzzo, Campania, Molise, Puglia, Campania, Basilicata e Sicilia. Marcantoni ha un ceppo nel basso trentino ed a Trento, uno nelle Marche nel pesarese e nell'anconetano, uno in Toscana ed uno a Roma.
Il cognome Marcantoni è 577° nella regione Marche Il cognome Marcantoni è 181° nella provincia di Fermo Il cognome Marcantoni è 14° nel comune di MONTEFIORE DELL'ASO (AP)