Potrebbe derivare, direttamente o tramite una forma ipocoristica, dal termine malgaro, cioè un mandriano usufruitore delle malghe (ricoveri di pascoli montani), attività probabilmente svolta dal capostipite.
Il cognome Malgari ha qualche presenza in Sardegna e nel centro Italia. Malgara è rarissimo. Malgarotti, molto raro, è tipico dell'alto bresciano. Malgarotto, estremamente raro, sembrerebbe veneziano.
Il cognome Malgara è 18833° nella regione Abruzzo Il cognome Malgara è 4784° nella provincia di Vercelli Il cognome Malgara è 17° nel comune di OLEVANO DI LOMELLINA (PV)