Dovrebbe derivare dalla forma plurale maldera del termine medioevale malderum, un unità di misura medioevale di capacità per aridi, come ad esempio le granaglie, equivalente alla quarta parte di un modius (moggio), con valori differenti da paese a paese, ma comunque con un valore prossimo ai due litri.
Dell'uso di questo termine si ha un esempio in uno scritto dell'anno 1100: "..In hiis singulis sex placitis det ei abbas ad servicium unum malderum panis et frissingum, qui valeat XXX. nummos et V. pollos et sex caseos, et XX. ova, et unam situlam vini, et duas cervisie et VI, maldera avene...".
Potrebbe stare ad indicare che i capostipiti fossero dei benestanti, forse commercianti in granaglie.
Il cognome Maldera è tipicamente pugliese, del barese in particolare ed a Lucera e Foggia nel foggiano.