Dovrebbe derivare da un soprannome legato ad episodi della vita del capostipite legati a problemi alla gola.
Personaggio famoso fu l'architetto Cristoforo Malagola, che operò a Modena nella seconda metà del 1500.
Il cognome Malagoli è tipico emiliano, della zona che comprende il reggiano, il modenese e il bolognese.
Il cognome Malagoli è 99° nella regione Emilia-Romagna Il cognome Malagoli è 5° nella provincia di Modena Il cognome Malagoli è 1° nel comune di BASTIGLIA (MO)