Dovrebbe derivare da un soprannome originato dal termine malgaudio, "dispiacere".
Una seconda ipotesi, più probabile, lo vuole come un alterato di Malagoli, a sua volta una forma dialettale medioevale di un ipocoristico del nome Malachia, che diventa prima Malachiolo, poi Malacolo, Malagoli quindi Malagò e Malagodi.
Il cognome Malagodi, molto raro, è tipico dell'estremità occidentale del ferrarese. Malagò è tipico dell'area che comprende il lembo orientale del mantovano e del veronese ed il ferrarese.
Il cognome Malago' è 4798° nella regione Veneto Il cognome Malago' è 724° nella provincia di Mantova Il cognome Malago' è 13° nel comune di SERMIDE E FELONICA (MN)