Dovrebbe derivare da una forma etnica dialettale riferita al paese cremonese di Malagnino, forse il paese d'origine del capostipite.
Una seconda ipotesi propone invece una derivazione da una forma contratta del termine dialettale lombardo arcaico malanaggi, "accidenti, maledizioni".
Il cognome Malaggi, rarissimo, sembrerebbe specifico del cremonese.
Il cognome Malaggi è 13439° nella regione Lombardia Il cognome Malaggi è 1125° nella provincia di Cremona Il cognome Malaggi è 12° nel comune di ISOLA DOVARESE (CR)