Dovrebbe derivare da un nome di località, come Magnago in provincia di Milano, derivato forse dal termine latino Magnus ager, "grande campo", oppure più probabilmente dal nome di una proprietà terriera di un certo Manius, nome latino di persona, cui sia stato aggiunto il suffisso di origine celtica -acus, "terreni di".
Il cognome Magnago è specifico del trentino.
Il cognome Magnago è 1764° nella regione Trentino-Alto Adige Il cognome Magnago è 1148° nella provincia di Trento Il cognome Magnago è 34° nel comune di LEVICO TERME (TN)