Potrebbe deriva dal toponimo Magnago (MI) o Cassano Magnago (VA) ed indicare il luogo di provenienza del capostipite.
Il cognome Magnaghi è originario del milanese e varesotto.
Il cognome Magnaghi è 1447° nella regione Lombardia Il cognome Magnaghi è 377° nella provincia di Novara Il cognome Magnaghi è 6° nel comune di ROMENTINO (NO)