Dovrebbe derivare dal nome della località araba Sidi Ali el Magherni in Tunisia, oppure, più probabilmente, da una forma ipocoristica del nome normanno Maghern.
Il cognome Maghernino, quasi unico, sembrerebbe di origini pugliesi.
Il cognome Maghernino è 14395° nella regione Puglia Il cognome Maghernino è 4642° nella provincia di Foggia Il cognome Maghernino è 571° nel comune di SAN SEVERO (FG)