Potrebbe derivare da un soprannome legato al vocabolo dialettale magon o magat con il significato di "mago, stregone, guaritore",.
E' anche possibile, anche se molto improbabile, che derivi dall'occitano magat, "nascosto".
Il cognome Magaton, molto raro, sembra originario del padovano.
Il cognome Magaton è 8498° nella regione Veneto Il cognome Magaton è 1951° nella provincia di Treviso Il cognome Magaton è 94° nel comune di UGGIATE-TREVANO (CO)