Potrebbe derivare dal mestiere di proto magister o architetto di una fabbrica edile ed anche capomastro, svolto dal capostipite.
Il cognome Lo Proto, rarissimo, sembrerebbe panitaliano.
Il cognome Lo Proto è 7746° nella regione Sicilia Il cognome Lo Proto è 2707° nella provincia di Palermo Il cognome Lo Proto è 23° nel comune di MARINEO (PA)