Dovrebbe derivare dal nome medioevale italiano Lillo o dal nome latino Lilium, "giglio".
Il cognome Lilliu, diffuso nella Sardegna sudoccidentale, parrebbe originario del cagliaritano. Lillu, molto raro, ha presenze in Gallura e nel cagliaritano.
Il cognome Lilliu è 203° nella regione Sardegna Il cognome Lilliu è 97° nella provincia di Sud Sardegna Il cognome Lilliu è 4° nel comune di GUASILA (SU)