Dovrebbe derivare da una modificazione del nome medioevale Guarino.
Si trovano tracce di questa cognomizzazione a Genova nel 1600 con il Padre Ignazio Guarnotto di Gesù Maria Vice-Ministro delle Scuole Pie di Genova.
Il cognome Guarnotta sembra avere un ceppo trapanese ed uno livornese.
Il cognome Guarnotta è 4424° nella regione Sicilia Il cognome Guarnotta è 860° nella provincia di Trapani Il cognome Guarnotta è 187° nel comune di GALLIO (VI)