Deriva dal nome medioevale Guarnerus di cui si ha un esempio nel Codice Diplomatico della Lombardia medievale sotto l'anno 1183: "...Prima pecia iacet in Albereto et est perticas duabus; coheret: da una parte Guarnerus Medicus, a tercia Sancti Andrea. ..".
Tracce di questa cognomizzazione si trovano a Genova nel 1600: in uno scritto del 1643 si legge "...Il Patron Domenico Menino di Lerice ha carricato alla presente spiaggia di Portovenere sopra la sua fregatta fusti numero trenta pieni di vino per quelli condurre alla Città di Genova mandati da Bartolomeo Guarnero e da consignare alli infrascritti...". Mentre in Valcamonica nella seconda metà del 1700 opera il notaio Giovanni Antonio Guarneri.
Il cognome Guarneri ha due nuclei originari: uno in Sicilia tra le province di Palermo, Agrigento e Caltanissetta ed uno in Lombardia con massima concentrazione nella bassa bresciana. Guarnero, molto più raro, sembra essere specifico del Piemonte, alessandrino e vercellese. Guarniero è rarissimo.
Il cognome Guarnero è 6235° nella regione Piemonte Il cognome Guarnero è 1027° nella provincia di Asti Il cognome Guarnero è 9° nel comune di MONCALVO (AT)