Deriva da variazioni ipocoristiche o accrescitive, anche composite, della forma contratta Gianni, originata dal nome Giovanni (dall'ebraico Yehohanan, "Dio ha avuto misericordia").
La sua diffusione fin dal Medioevo si deve anche al culto dei numerosi santi cristiani omonimi.
Il cognome Giannotta è probabilmente originario del Salento.
Il cognome Giannotta è 487° nella regione Puglia Il cognome Giannotta è 190° nella provincia di Lecce Il cognome Giannotta è 8° nel comune di PIETRAPERTOSA (PZ)