Potrebbe derivare da un soprannome legato al termine arcaico kafir ossia "infedele", oppure alla voce paleolombarda caffo o gaffo, "brutto ceffo, tipaccio" oppure ancora dal calabrese càfaru, "cavo, tarlato" e per esteso "vuoto dentro".
Tracce di questa cognominizzazione si trovano a Lodi nella seconda metà del 1400 con il musicista lodigiano Franchino Gaffurio (1451-1522): "Angelicum ac divinum opus musice Franchini Gafurii laudensis Regii musici ecclesieq[ue] Mediolanensis phonasci". Personaggio degno di nota della seconda metà del 1600 è stato lo scultore ed intagliatore comasco Giuseppe Gaffuri.
Il cognome Gaffuri è tipicamente lombardo con un ceppo comasco ed uno a Crema. Gaffurini è bresciano.
Il cognome Gaffuri è 1294° nella regione Lombardia Il cognome Gaffuri è 85° nella provincia di Como Il cognome Gaffuri è 3° nel comune di ALBESE CON CASSANO (CO)