Dovrebbe derivare da un soprannome legato al significato simbolico di fonte intesa come "sorgente di spiritualità o di purezza di sentimenti", oppure da toponimi come ad esempio Fonte (TV) - (SA), Fonte di Brescia (MC), Fonte di Papa (RM), Fonteblanda (GR) e Fontebuona (FI).
Il cognome Fontes è rarissimo e non è possibile identificare una precisa zona d'origine.
Il cognome Fontes è 9328° nella regione Calabria Il cognome Fontes è 2371° nella provincia di Ragusa Il cognome Fontes è 122° nel comune di MONTEGALLO (AP)