Dovrebbe derivare da un soprannome legato al significato simbolico attribuito alla fonte intesa come sorgente di spiritualità o di purezza di sentimenti oppure da toponimi quali Fontana (PR) - (NA), Fontana di Montella (AV), Fontana Liri (FR), Fontana Pradosa (PC), Fontanella (BG), Fontanelle (CE) e moltissimi altri.
Il cognome Fontanari è della provincia di Trento.
Il cognome Fontanari è 151° nella regione Trentino-Alto Adige Il cognome Fontanari è 79° nella provincia di Trento Il cognome Fontanari è 2° nel comune di PERGINE VALSUGANA (TN)