Potrebbe derivare da una modificazione dialettale del toponimo Fonni (NU), ma più probabilmente è connesso ad un soprannome stante ad indicare chi abitava in prossimità di una fons, "fonte".
Il cognome Fonnesu, abbastanza raro, è specifico del cagliaritano.
Il cognome Fonnesu è 622° nella regione Sardegna Il cognome Fonnesu è 291° nella provincia di Sud Sardegna Il cognome Fonnesu è 22° nel comune di DOMUSNOVAS (SU)