Dovrebbe derivare da un soprannome originato dal vocabolo fariseo.
Traccia di questa cognomizzazione si trova a Melegnano nel 1400 con il sacerdote Donato Farisei parroco dal 1450 al 1455.
Il cognome Farisei, molto raro, sembrerebbe del viterbese. Fariselli è specifico della zona che comprende il bolognese ed il ravennate. Fariseo, rarissimo, è tipico del pavese al confine con l'alessandrino.
Il cognome Farisei è 19501° nella regione Lazio Il cognome Farisei è 2212° nella provincia di Viterbo Il cognome Farisei è 24° nel comune di BLERA (VT)