Dovrebbe essere di origine slava e derivare da alterazioni dell'aferesi di Stefanic, una forma patronimica in -ic del nome Stefano.
Il cognome Fanizza è decisamente pugliese, del brindisino, del barese, del leccese e di Taranto. Fanizzi è anch'esso pugliese, del barese in particolare, di Taranto, Foggia e Fasano nel brindisino. Fanizzo, quasi unico, è dovuto ad errate trascrizioni del precedente.
Il cognome Fanizzo è 12616° nella regione Puglia Il cognome Fanizzo è 5540° nella provincia di Foggia Il cognome Fanizzo è 731° nel comune di SAN SEVERO (FG)