Dovrebbe derivare dal nome medievale Diaferia, che, assieme alla sua variante Diaferio, sembra nascere da un'italianizzazione del personale balcanico Dzafer (adattamento dell'arabo Ja'far), col significato letterale di "ruscello, piccolo torrente". Un'altra ipotesi è che si tratti di cognomi d'origine slava o, meglio ancora, albanese oppure che derivi da soprannomi originati dai termini latini dies feriae, "giorni festivi, consacrati al riposo".
I cognomi Diaferia e Diaferio sono tipicamente pugliesi, in particolare del barese il primo e del foggiano e barese il secondo.
Il cognome Diaferia è 1365° nella regione Puglia Il cognome Diaferia è 571° nella provincia di Bari Il cognome Diaferia è 11° nel comune di CORATO (BA)