Dovrebbe derivare dal toponimo Deserto di Ostuni (BR) o da un soprannome che indicava esperienze del capostipite nel deserto libico o ancora costituire un cognome attribuito ad un fanciullo abbandonato (dal verbo latino desero che significa "abbandonare, rinunciare").
Il cognome Deserto, quasi unico, potrebbe essere pugliese e siciliano.