Potrebbe trattarsi di una forma patronimica dove il De- ed il Di- sta per "il figlio di", riferito a capostipiti il cui padre si fosse chiamato con il nome latino Benignus.
Il cognome De Benigni è unico. De Benigno è specifico di Salerno. Di Benigno, estremamente raro, ha un piccolo ceppo nel pescarese e presenze nel romano.