Potrebbe derivare dall'antico nome Cupertino, di epoca bizantina, del paese leccese di Copertino, indicandolo come luogo d'origine dei capostipiti.
Il cognome Cupertino è tipicamente pugliese, del barese, del brindisino e di Foggia. De Cupertinis è specifico del leccese.
Il cognome Cupertino è 2156° nella regione Puglia Il cognome Cupertino è 970° nella provincia di Brindisi Il cognome Cupertino è 14° nel comune di SAMMICHELE DI BARI (BA)