Potrebbe derivare da un soprannome originato dal termine sardo cogònu, "rinsecchito", forse ad identificare una caratteristica fisica del capostipite oppure dal termine cogoni che indica anche il pane di farina e cruschello, di forma più o meno rotonda.
Come cognome è presente tra i firmatari della Pace di Eleonora, LPDE del 1388: Cogoni Andrea, jurato ville Sella. (Sella.distrutto - Diocesi di S. Giusta, Contrate Partis de Guilcier); Cogoni Saro, jurato ville Sancte Juste(Santa Giusta - Partis di Guilcier); Cogoni Troisco, jurato ville Aidu(Aidu. Aido.odierno Aidomaggiore. Contrate Partis de Guilcier).
Il cognome Cogoni è tipico della Sardegna meridionale, del cagliaritano in particolare, ma comunque ben presente anche nel Campidano e nel nuorese.
Il cognome Cogoni è 165° nella regione Sardegna Il cognome Cogoni è 57° nella provincia di Cagliari Il cognome Cogoni è 3° nel comune di VILLASIMIUS (SU)