Dovrebbe derivare da un'alterazione del cognomen latino Caepio, Caepionis (il dittongo -ae- si legge e), oppure da un soprannome originato dal termine dialettale pugliese arcaico cippone, "grosso ceppo da camino".
Si trovano tracce già nel 1600 nell'isola di Malta.
Il cognome Cippone è pugliese con un ceppo a Bari ed a Taranto. Cipone, rarissimo, sembrerebbe friulano. Cipponi, quasi unico, dovrebbe essere dovuto ad errate trascrizioni del precedente.
Il cognome Cipponi è 30857° nella regione Liguria Il cognome Cipponi è 7177° nella provincia di Savona Il cognome Cipponi è 269° nel comune di CERVASCA (CN)