Dovrebbe derivare da soprannomi legati al tardo latino capitaneus, "capitano, comandante" e si attesta fin dal XII secolo.
Il cognome Capitanio ha la sua massima concentrazione nel lombardo veneto, ma presenta ceppi anche nel Lazio, negli Abruzzi e nelle Puglie.
Il cognome Capitanio è 583° nella regione Abruzzo Il cognome Capitanio è 98° nella provincia di Bergamo Il cognome Capitanio è 2° nel comune di Cene (BG)