Dovrebbe derivare da una forma etnica dialettale del paese di Braga nel veronese, ma è anche possibile, se non più probabile, che derivi da un soprannome originato dal termine dialettale lombardoveneto arcaico bragaja, finimenti dei cavalli da tiro, forse ad indicare il mestiere del capostipite.
Il cognome Bragaja è quasi unico e sembrerebbe del veronese.
Il cognome Bragaja è 24298° nella regione Trentino-Alto Adige Il cognome Bragaja è 6976° nella provincia di Verona Il cognome Bragaja è 290° nel comune di BRICHERASIO (TO)