Dovrebbe derivare dal toponimo Bologna, (Bononia), ed indicare probabilmente il luogo di provenienza della famiglia.
Nel 1640 si ha a Modena un Giovanni Maria Bononcini, celebre violoncellista e compositore.
Il cognome Bononcini è tipico della provincia di Modena e Bologna.
Il cognome Bononcini è 2279° nella regione Basilicata Il cognome Bononcini è 814° nella provincia di Modena Il cognome Bononcini è 44° nel comune di GUIGLIA (MO)