Deriva dal nomen latino Bonifatius ("buona fortuna, che ha buon fato") di cui si ha un esempio con il Papa del VII secolo Bonifatius natione Marsorum (Bonifacio IV) o dalla forma medioevale Bonifazio.
Il cognome Bonifacio è diffuso in tutta Italia.
Il cognome Bonifacio è 841° nella regione Friuli-Venezia Giulia Il cognome Bonifacio è 77° nella provincia di Trieste Il cognome Bonifacio è 5° nel comune di SELVA DI CADORE (BL)