Dovrebbe derivare da una modificazione del nome Bono, dal latino Bonus, "di buon carattere".
Il cognome Bonaga è tipico del bolognese. Bonaca è specifico del perugino.
Il cognome Bonaga è 4862° nella regione Emilia-Romagna Il cognome Bonaga è 1354° nella provincia di Bologna Il cognome Bonaga è 149° nel comune di BUDRIO (BO)