Dovrebbe derivare, tramite ipocoristici o alterazioni dialettali, dal nome latino Bonus passato in uso anche presso i barbari conquistatori; Bono è anche nome longobardo. Si trova un esempio a Pavia in una Cartula venditionis del 1144: "...manuum suprascriptorum iugalium qui hanc cartulam vendicionis fieri rogaverunt et suprascriptum precium acceperunt et ipse Bonus Iohannes eidem coniux sua consensit ut supra...".
Tracce di queste cognominizzazioni si trovano già nel 1204 a Cesena nel Convento di Santa Maria dove uno dei frati citati in uno scritto si chiama Joanne Bono ed a Verona dove nel 1500 si legge: "...interrogatus Dominus Julius Bonaccinus, veronensis, rector dictae ecclesiae, super primum capitulum dixit...".
Il cognome Bonacina è lombardo con maggiore concentrazione nelle province di Bergamo e Lecco.
Il cognome Bonacina è 143° nella regione Lombardia Il cognome Bonacina è 22° nella provincia di Lecco Il cognome Bonacina è 1° nel comune di VERCURAGO (LC)