Potrebbe derivare da un soprannome veneto originato dal vocabolo boin, "bulino", attrezzo per intagli o intarsi su metallo, forse ad identificare i capostipiti come artigiani del rame o di altri metalli, oppure trattarsi di una forma aferetica, anche dialettale, del nome medioevale longobardo Albwin italianizzato in Alboino.
In alcuni casi potrebbe derivare da un soprannome legato al termine bove, "toro", ed indicare chi si prendeva cura di una mandria di mucche.
Il cognome Boin è tipicamente veneto, con un ceppo nel trevisano, uno nel padovano e nel vicentino. Boini, quasi unico, sembrerebbe emiliano. Boino, altrettanto raro, è piemontese anche se dovrebbe essere di origini venete.