Potrebbe derivare da un soprannome legato al vocabolo latino bovarius (relativo ai buoi) o al vocabolo italiano bove, quindi correlato con il lavoro agricolo o di mandriano svolto dai capostipiti.
Potrebbe inoltre derivare da uno dei molti toponimi legati alla parola bove.
Il cognome Boeri ha un ceppo nell'astigiano e uno nel piacentino, ma il nucleo principale è in Liguria ed in particolare nella provincia di Imperia.