Potrebbe derivare dal diminutivo del vocabolo sardo boe, "bue", forse in quanto il capostipite era figlio di un Boe o Boi o era moderatamente agiato.
Secondo un'altra ipotesi deriverebbe da un soprannome originato dal vocabolo sardo boidu, "vuoto", e starebbe ad indicare invece una persona di poco valore.
Il cognome Boeddu è tipicamente sardo, del nuorese, oristanese e sassarese.