Dovrebbe derivare da modificazioni del nome medioevale Bertus ("illustre, lucente") modificazione di cui si ha tracce già in epoca longobarda, come si può leggere in un atto del 753 stilato in Piacenza: "...Signum + manus Bertoni filio quondam Antonino uiri honesti exercitalis testis...".
Il cognome Bertoni è tipico di Lombardia, Emilia e Liguria orientale, con ceppi anche nella Toscana nordoccidentale e nell'udinese.
Il cognome Bertoni è 142° nella regione Friuli-Venezia Giulia Il cognome Bertoni è 69° nella provincia di Modena Il cognome Bertoni è 1° nel comune di FERNO (VA)